巫溪境内现有动物种类资源较为丰富，初步调查统计有65目211科748种，包括无脊椎动物和脊椎动物两个动物类群。无脊椎动物有38目129科430种，其中浮游动物11目21科55种，底栖无脊动物4门、36科、49种，昆虫有12目，72科326种。脊椎动物中，包括有鱼类、两栖类、爬行类、鸟类、兽类等，共计有27目82科318种，其中鱼类2目5科15种，两栖类2目7科17种，爬行类1目6科23种，鸟类15目43科208种，兽类7目21科55种。现有国家重点保护野生动物（国Ⅰ、Ⅱ）7目13科36种，中国特有种有23种。